不做研究则不发言
不过在清华，由于当时学习苏联，基础课脱离了科研，王明贞也基本脱离了科学研究，转向物理学教育方向。顾秉林回忆上世纪八十年代的在厦门举行的统计力学会议时，会议主办方通过顾秉林邀请王明贞，希望她能做大会主旨发言时，王明贞委婉地拒绝了邀请，“好久没做研究工作了，就不去了。”
曾被投入秦城监狱
回国后的王明贞不习惯各种运动。她的同事黄贺生记得，在“文革”之初，“她话非常少，开会时除非非得发言表态才说话。”
但王明贞仍没有逃过这一劫。1966年，她被关进了秦城监狱。她后来跟同事郑福裕回忆说，在监狱里每天都锻炼身体，“提醒自己不能死，一定要活下去，一定要还自己一个清白。”
在度过了两千多天的铁窗生涯后，1973年11月9日王明贞出狱了。
王明贞是清华大学首位女博士女教授，清华大学对她作出了这样的评价：“王明贞先生为我校统计物理学科的建设开创了先河。她以其广博而深厚的平衡态和非平衡态统计理论融会于教学之中，形成了王氏风格。王先生担任统计物理热力学的教学工作，为培养我国自己的物理学家、工程物理学家作出了重要贡献。”
