焦点
1 复旦是否向网站出售论文？
复旦大学承认，鞠川阳子的论文确实提供给了“中国知网”，但“完全出于学术公益服务的目的”。论文稿酬由作者直接向杂志社领取。
复旦在声明中介绍说，2007年复旦与中国学术期刊(光盘版)电子杂志社签订协议，加入《中国博士学位论文全文数据库》、《中国优秀硕士学位论文全文数据库》建设。该电子杂志社由新闻出版总署批准成立、教育部主管。而《中国优秀硕士学位论文全文数据库》由该社“中国知网”实施网络出版。
鞠川阳子提供了一份交涉录音，其中一男子说，“中国知网提供的费用，研究生院也是拿不到的，而是交给了学校，不再给到学生个人”。鞠川阳子据此认为，这在事实上构成了学校出售论文。
复旦发言人说，有关人员不了解实际情况。学校与中国知网只有一笔论文采集费，“除此之外没有金钱往来”。这实际上就是中国知网给学校的成本补贴，每本论文10元钱”。
2 双方是否签订“保密协议”？
鞠川阳子介绍说，她在2009年10月完成复旦硕士学位论文，并同复旦签订了10年保密期限的保密协议。
她说，“现在复旦极力否认保密协定有效性，如果今天不承认，那就应该在入学时候就告诉我”。
但复旦发言人表示，如果学生要申请论文保密，必须是在论文开题时便同导师一起向学校提出。而鞠川阳子是在论文完成后向图书馆递交论文时才提出申请。“对于涉嫌要保密的内容，是有严格规定的。从申请单上看，鞠川阳子只是简单地填写了保密缘由为‘公司机密’，并勾选了‘绝密十年’，图书馆在看到该申请后，没有看到学校的涉密认证，认为不符合规范，便没有批准她的‘保密’申请。”鞠川阳子实际上并没有与复旦签署过保密协议。
3 谁有资格认定论文“绝密”？
复旦发言人表示，学校在鞠川阳子论文是否涉密的问题上有过调查结论，不能认为其论文涉密，校内也没有发现涉密管理违规。如果说有问题，那是校内行政管理服务有不到位之处。
鞠川阳子对“只有学校才能认定保密”的做法提出质疑。她说，“我公司的商业机密为什么需要你认定，我自己为什么不能保护自己的商业机密？”而复旦发言人表示，复旦是根据国家的保密体系走的，这不是学校是否尊重其公司商业秘密的问题，“这涉及现有保密体系衔接的问题，不是复旦所能解决的。”
