按照《十二五规划》，三省将规划项目分解为542个，其中水污染防治项目435个，水土保持项目107个。截至2014年底，已建成项目417个，占规划项目的76.9%，达到了目标责任书确定的南水北调中线工程通水前70%项目建成的目标。
陕西省政府就明确，汉江、丹江水质保护的责任主体在地方政府，把水污染防治和水土保持任务，层层落实到各县（区）政府和重点污染企业，责任到人，并逐级签订目标责任书。对污染治理项目建设月调度、季通报、年考核，并将水质保障工作纳入县区政府年度工作目标考核，实行“一票否决”。在项目建设过程中，把污染物总量控制作为项目环评的前置条件，严把项目审批准入门槛，从严控制重金属、化工项目审批，全面推进排污许可证制度，从源头上减少污染。
湖北省实行 “河长制”，协调推进5河污染治理工作，并提出了“前端截污治本、中端修复生态、末端治污达标”和“九先九后”的总体思路，明确要求5河治理不讲理由、不讲条件、不惜血本、不计代价。要抓紧构建全流域“截污、清污、减污、控污、治污”综合治理体系，努力实现“水清、河畅、岸绿、景美”的目标。
河南省水源区各县市坚持发展中保护、保护中发展，走绿色发展之路的理念，积极转变经济发展方式，大力调整产业结构，发展绿色、低碳、循环经济。目前，在水源区已经初步形成了一批茶叶、金银花、猕猴桃、食用菌、中药材等生态产业带，走出了一条绿色发展之路。西峡县猕猴桃种植面积已达10万亩，野生猕猴桃面积达30万亩，中药材30万亩。西峡县299个行政村中，“果药菌”产业“一村一品”达160个，涉及20万农民。淅川县在丹江口库区种植茶叶3万亩、金银花2.8万亩、薄壳核桃1万多亩。淅川县计划利用5年时间，高标准建设13万亩优质茶产业种植基地和10万亩优质金银花种植基地，力争将淅川建设成为全国有机茶生产集散地和全国最大的金银花产业基地，将丹江口库区打造成全国生态示范区。
库区水质保护是对水源地的水质保护，干线工程的水质保护则是对输水过程的水质保护。
“根据《南水北调中线一期工程水质监测方案》，我们每月对全线的29个固定监测断面的24个基本项目，以及集中式生活饮用水地表水源地补充项目硫酸盐，开展常规监测，结果显示，正式通水以来，各断面监测结果均达到或优于地表水Ⅱ类水质标准，硫酸盐浓度远低于国家规定的浓度限值，水质稳定达标，满足供水要求。”南水北调中线建管局水质中心相关负责人对于输水水质给出了专业应答。
不同于实验室中的科学数据，位于北京市南三环的居民杨大妈，对于输水水质及通水前后的水质变化有着更为切身的体会与直观的认知。“自从调来了丹江口的水，水垢少了好
