日本樱花健康保险基金来自于保险费和国家财政补助，二者构成健康保险的财源。不同体制的保险组织，财源亦有区别：
(1)政府管理的健康保险：以中小企业为保险对象， 保费支付标准多以报酬月额比例交纳，个人与雇主、政府三方共同承担费用、共同获益，是比较合理的财政负担形式。
(2) 健康保险社团：以大企为对象。企业、国家、个人三方出资。企业拿大头，雇员拿中头、国家拿小头。依靠雇主和雇员缴纳的保险费及少量的财政补贴作为财政来源。
政府管理的健康保险，三方负担的比例常常以法律的形式固定下来，不易改变，而社团组织则比较灵活，自己可以随时改变，并通过企业内部有效地控制基金费用。
(3)国民保健保险：以低收入阶层、农民、一般居民为对象。 实际上是一种依赖国家财政的救济福利式保险。保险基金由投保人交纳的保费和政府少量的补贴构成，财源力量很薄弱。
总之，日本的健康保险从框架上仍然属于传统的健康保险机制，但由于法律健全，管理监督系统严密，从而使日本的健康保险制沿着自己的轨道正常运行。且较西方单一的健康保险模式更为精细的保险制度。
