中国的科研院所企业化转制始于上世纪末。当时，一方面长期计划经济下形成的传统科研院所管理体制存在着完全依赖财政拨款、研究的针对性和适用性不高、大量科研成果无法产生经济效益等严重弊端，完全不适合经济发展需要；另一方面我国开始实施国家科技战略，迫切需要有效整合科技与产业资源，不断增强科技创新能力和创富效应。针对这一矛盾，我国政府1999年启动科研院所大规模转制的进程，迄今为止，大部分科研院所已经在形式上完成了从事业单位向企业的转变。10多年的转制过程取得了诸多成功经验，也留下不少问题。
有鉴于此，本文将以东软集团、中联重科两家典型企业的改制、发展来分析科研院所企业化转制的得失。
从大学研究室发展成为中国软件行业领头羊的——东软
东软的转制和诞生、成长几乎同步，东软走出大学校园、融入社会，成为一个真正意义上的软件企业可以分为三个阶段。
第一阶段东软完成了由大学研究室向校办企业的转变。
1988年，美国留学归国博士、东北工学院教授刘积仁与几名青年教师一起仿照美国国家标准局实验室运营模式、以3万元课题经费成立了“计算机网络工程研究室”，后改为“东北大学软件中心 ”，这就是东软的前身。1991年，为扩大成果转移规模、吸收国外风险投资，“东北大学软件中心 ”，成立校办企业性质的“东北工学院开放软件系统开发公司”，同年与出资30万美元的日本ALPINE株式会社合资成立“沈阳东工阿尔派音软件研究所”。 第二阶段东软由校办企业转变为股份化、社会化企业。
1992年“东北工学院开放软件系统开发公司”进行股份制改造，除国家、学校外，25%股份由员工持有，还引入了社会投资者-当地建设银行建行；1993 年公司与“沈阳东工阿尔派音软件研究所”合并成为“东大阿尔派软件股份有限公司”；1996年，东大阿尔派成为第一个在国内资本市场上市的软件企业；同年为加强投资管理，成立了控股公司“东软集团”。
第三阶段是东软资本结构和公司治理的持续优化的阶段。
1998年起东软先后引入宝钢、阿尔派、Intel 、飞利浦、东芝、SAP等国内外著名企业参股成为战略投资者；同时东软董事会外部董事开始占据半数以上，独立董事的人数占据三分之一，并成为一种不成文的惯例；2008年，东软集团完成整体上市计划。
东软诞生、改制、发展过程中，资本运作和引入外力发挥了至关重要的作用。
1988年，东软前身“东北工学院计算机系计算机软件与网络工程研究室”创立所依赖的3万元资金由青年科学基金、“863”项目基金、抚顺铝厂各提供1万元。1991年，合资方日本ALPINE株式会社提供了创业初期关键的30万美元业务启动资金；1992年， 公司进行股份制改造，除国家、学校外，25%股份由员工持有，还引入了社会投资者—当地建设银行，企业由此获得了建行的融资支持和便利，改制完成为东软上市奠定基础；1996年，东大阿尔派股票在上海证券交易所上市，募集资金1亿元。
东软上市后，资本运作开始成为缔结战略合作的重要手段。1996年，东软与东芝成立东东系统集团公司(后更名为东软商用软件事业部)；2004年，东软与飞利浦合资成立了东软飞利浦医疗系统有限责任公司；2006年，全球商用软件巨头SAP向东软集团注资约1000万欧元，约占东软集团2%股份，两家结成战略合作伙伴关系；2006年，英特尔向东软一次性投资4000万美元 ，并与东软在多个领域展开深度合作。
同期，东软还通过资本运作不断优化股本结构和公司治理。2001年，东软将阿尔派和东芝股权上移到“东软集团 ，使东软品牌整合更加顺畅；2006年，东软完成股权分置改革并改革董事会，使外部董事占董事会的半数以上，独立董事的人数占董事会人数的三分之一 ;2008年，东软集团完成整体上市计划，实现东软集团与上市公司一体化，使股东的关系和利益更加集中，管理者的目标更加集中，组织更加简化和有效率。
东软确立规模化、国际化的全新发展战略后，资本运作开始担负起兼并重组、收购扩张的职能，强化和提升了东软在软件细分市场和海外市场的竞争力。2004年收购南京航星烟草软件业务，大大提升了东软在烟草行业的竞争能力和市场占有率；2008年收购芬兰SESCA旗下3个手机软件设计公司，使东软一跃成为中国乃至全球手机嵌入式软件的领军者；2008年收购收购德国哈曼旗下子公司ISG业务，显著提升东软在汽车电子软件市场的全球交付能力；2009年收购浙江海科电力软件技术有限公司电力业务，强化了东软在电力行业市场竞争实力。
历经20年，东软已经由3万元起家的大学研究室发展成为资产60亿、年收入40亿、市值200亿的国内领先IT解决方案与服务供应商。目前拥有员工 16000余名，在中国建立了6个软件研发基地，8个区域总部，16个软件开发与技术支持中心，在40多个城市建立营销与服务网络，在大连、南海、成都和沈阳分别建立3所东软信息学院和1所生物医学与信息工程学院；在美国、日本、欧洲、中东设有子公司。
东软的成功，除去先天的不起眼的“小”和半体制外的束缚较少，更重要是对外部资源的开放性引入，不仅是资本运作带来的资金，还包括国际成功科研经验与机制、先进管理文化与理念、优秀伙伴与人才。这种开放性引入还让持续成功的东软能不断认知到自身同国际领先企业之间的差距和不足，从而长期不懈怠保持追赶提升和改善创新的动力。
